Gli oli difettosi, perché hanno caratteristiche organolettiche sgradevoli o perché presentano proprietà chimiche negative (come un'elevata acidità), non possono essere destinati all'alimentazione e perciò devono essere raffinati. Le operazioni di raffinazione e rettificazione vengono eseguite in appositi stabilimenti, specializzati per tali operazioni. Le operazioni di raffinazione prevedono i seguenti processi: demucillaginazione, disacidificazione, decolorazione, filtrazione, deodorazione, demargarinazione.