L'olio ottenuto con i diversi sistemi di estrazione deve essere filtrato per eliminare le sostanze che si trovano ancora sospese. Per questo processo vengono utilizzati filtri di cotone cordato o di carta. Conviene effettuare la filtrazione all'atto dell'imbottigliamento o subito prima della commercializzazione, comunque mai prima della conservazione. In realtà molte grandi industrie preferiscono conservare l'olio già filtrato (olio limpido) per evitare i costi di travaso. È consigliabile non filtrare subito l'olio per non allontanare quelle sostanze idrosolubili, quali i tannini e l'acido ascorbico, che hanno funzione anti-ossidante. Ciò comporta la necessita di operare i travasi per allontanare le morchie man mano che si depositano, perché esse sono sede di fermentazione e putrefazione.